برای رده بندی ویروسها ، سعی میشود که از فعالیت ذاتی ویروسها ، ساختار ساختمان اسید نوکلئیک و پوشش پروتئینی اطراف آن ، اندازه ویریون ، نوع اسید نوکلئیک ، صفات ژنتیکی ، حساسیت در مقابل عوامل فیزیکی ، شیمیایی و ... استفاده شود.

در رده بندی ویروسها سعی بر این است که از خصوصیات مربوط به میزبان مانند نشانه گذاری کمتر ، استفاده شود، چون بسیاری از ویروسها بخصوص ویروسهای گیاهی ، با آنکه از نظر ریخت شناسی کاملا با هم متفاوت هستند، ولی در میزبان خود علائم ظاهرا مشابهی ایجاد میکنند. 

سیر تحولی رده بندی 
برای سهولت مطالعه ویروسها آنها را بر حسب نوع میزبان به ویروسهای جانوری ، ویروسهای باکتریایی و ویروسهای گیاهی ، تقسیم بندی میکنند. این نوع رده بندی اگرچه مطالعه ویروسها را آسانتر میسازد، ولی مبنای علمی ندارد.
قدیمیترین روش رده بندی ویروسهای حیوانی بر مبنای اندام آلوده شده و بیماری تولید شده استوار بود و آن را مبنای علائممینامند. چون یک نوع ویروس ممکن است بر حسب اندامی که مورد حمله قرار میدهد، بیش از یک نوع بیماری پدید آورد، لذا این نوع رده بندی از نظر میکروبیولوژیکی رضایت بخش نیست.
در چند دهه گذشته صدها نوع ویروس از گیاهان ، جانوران و انسان جدا کردهاند. با افزایش تعداد ویروسهای شناخته شده مساله رده بندی پیچیدگی بیشتری پیدا میکند.
اساس طبقه بندی 

میران اطلاعات قابل دسترسی در هر زمینه برای تمامی ویروسها ، یکسان نیست و روشی که بر اساس آن ویروسها شناسایی میشوند، به سرعت در حال تغییر است. امروزه اکثرا از بررسی توالی ژنی به عنوان یک روشی اولیه برای شناسایی ویروس استفاده میشود و بدین ترتیب نیاز به سایر اطلاعات کلاسیک نظیر چگالی شناوری ویروس، کاهش یافته است. دادههای مربوط به توالی ژنی ، معیارهای پیشرفته طبقه بندی محسوب شده و گاهی باعث ایجاد خانوادههای جدیدی از ویروسها میشوند. اساسهای طبقه بندی به صورت زیر است:


مورفولوژی ویریون شامل اندازه ، شکل ، نوع تقارن و وجود یا عدم وجود غشا.
خصوصیات فیزیکی _ شیمیایی ویریون شامل توده مولکولی ، چگالی شناوری ، پایداری در برابر تغییرات PH و حرارت ، حساسیت به عوامل فیزیکی و شیمیایی بویژه اتر و پاک کنندهها.
خصوصیات ژنومی ویروس شامل نوع اسید نوکلئیک (RNA یا DNA) ، اندازه ژنوم ، نوع زنجیره (تکی یا مضاعف) خطی یا حلقوی بودن.
خصوصیات پروتئینی شامل تعداد ، اندازه ، عملکرد پروتئینهای ساختمانی و غیر ساختمانی ، ترتیب اسیدهای آمینه و تغییرات پس از ترجمه.
سازمان ژنی و همانند سازی آن شامل طبقه بندی ژنی ، تعداد و موقعیت قالبهای خواندنی باز و نحوه همانندسازی.
خصوصیات آنتی ژنی ویروس.
خصوصیات بیولوژیک شامل تعداد میزبان طبیعی ، انتقال ویروس ، حشرات عامل ویروس ، پاتوژنز و پاتولوژی.
سیستم جهانی طبقه بندی ویروسها 

در این سیستم ویروسها را بر اساس مورفولوژی ویریون ، ساختمان ژن و نحوه همانندسازی به گروههای بزرگتری تحت عنوان خانواده تقسیم بندی کرده و در انتهای نام هر خانواده ویروسی از پسوند « ویریده » استفاده مینمایند. در هر خانواده ویروس بر اساس تفاوتهای فیزیکی _ شیمیایی ، تقسیمات کوچکتری به نام جنسی نیز وجود دارد. معیارهایی که برای شناسایی هر جنس بکار میرود، از خانوادهای به خانواده دیگر متفاوت است. چند خانواده ویروسی که خصوصیات مشترکی با یکدیگر دارند، یک راسته ویروسی را تشکیل میدهند.

در سال 1995 ، کمیته بینالملی طبقه بندی ویروسها بیش از 4000 ویروس جانوری و گیاهی را به 71 خانواده ، 11 زیر خانواده و 164 جنس و صدها ویروس که هنوز جایگاه آنها تعیین نشده است، تقسیم بندی کرد. امروزه مشخص گردیده که اعضای 24 خانواده ویروسی برای انسان و جانوران ، بیماریزا هستند. 

گروههای اصلی باکتریوفاژها (ویروسهای باکتریایی) 
ویروس دارای دم درازی است که توسط غلافی قابل انقباض پوشیده شده است.
ویروس دارای دم دراز و باریک و قابل ارتجاع ، فاقد غلاف قابل انقباض بر روی دم است.
ویروس داری دم کوتاه و سر چند وجهی است.
گروههای اصلی ویروسهای جانوری 
پوکس ویروسها :

این ویروسها مولد بیماری آبله در انسان ، گاو ، خرگوش و پرندگان هستند.
میکسو ویروسها :

ویروسهای این گروه مولد بیماریهایی مانند آنفلوآنزا در جانوران مختلف هستند.
پارامیکسو ویروسها :

مولد بیماریهایی مانند سرخک ، اوریون ، پاراآنفلوآنزا و نیوکاسل در جانوران هستند.
هرپس ویروسها :

ویروسهای این گروه بیماریهایی مانند زونا ، تبخال و آبله مرغان ایجاد میکنند.
آدنو ویروسها :

بیماریهای گوناگون در دستگاه تنفسی جانوران ایجاد میکنند، در انسان عامل نوعی تومور سرطانی شناخته شدهاند.
گروههای اصلی ویروسهای گیاهی 
گروه توبرا ویروس :

ویروس جغجغهای توتون (TRV) عضو اصلی این گروه است که بوسیله نماتدها انتقال مییابد. در شیره گیاهی بسیار پایدارند و معمولا در میزبان علائم نکروز ظاهر می کنند.
گروه توبامو ویروس :

ویروس موزائیک توتون ، عضو اصلی این گروه است. ویروسی است بسیار پایدار و در گیاه علائم موزائیکی ایجاد میکند ناقل طبیعی خاصی برای این گروه شناخته نشده است.
ویروس پژمردگی گوجه فرنگی :

در بسیاری از گیاهان تولید موزائیک و نکروز میکند، در شیره گیاهی ناپایدار است و به آسانی به طریق مکانیکی (مالش) منتقل میشود. ظاهرا به ویروس آنفلوآنزا شباهت دارد.
گروه رابدو ویروسها :

ویروسهای این گروه در جانوران مهرهدار ، بیمهره و در گیاهان یافت میشوند. از نمونههای گیاهی آن یکی ویروس زردی نکروزی کاهو است که بوسیله شته منتقل میشود و دیگری ویروس کوتولگی زرد سیب زمینی است که توسط زنجرهها انتقال مییابد.